Ну например, чтобы пользоваться mail.ru агентом надо иметь почтовый ящик на mail.ru. а для icq - нет. лично по-моему, это вся разница)
По-моему на mail.ru агенте более удачно реализован поиск собеседников. +неплохое java-приложение для моб. телефона с возможностью отправки смс сообщений. Напрягает только глючность работы ентого агента, а так то разницы нет ;-)