Можно сделать через програму SpeedFan: настраивайте обороты кулеров, и все. Да и стоит посмотреть, что там вообще с ними, может и с нижение оборотов уже не поможет.
В BIOS Setup нужно включить (Enable) автоматическое регулирование оборотов вентиляторов (обычно вкладка называется Hardware Monitor). Работать охлаждение станет существенно тише, но только при условии, что в целом вентиляция протранства корпуса организована правильно.
Можно установить автоматическую скорость, как сказали выше, можно самому установить фиксировано пониженную скорость оборотов кулера процессора, но надо быть осторожным, т.к. в этом случае, может перегреваться процессор. Можно также установить видео карту с пассивным охлаждением, у нее нет кулера вообще. Я себе, например, отключил кулер у винчестера, разницы правда я особо не ощущаю.