Ну во первых - как демонстрация своей военной мощи, а во вторых - из-за мести за Перл-Харбор.
Ко времени бомбардировки Хиросима была городом большого промышленного и военного значения. Кроме того, некоторые военные лагеря располагались неподалёку, в том числе штаб Пятой дивизии и штаб Второй Основной армии фельдмаршала Сунроку Хата, командовавшего защитой всей Южной Японии. Он был одним из нескольких японских городов, специально оставленным нетронутым американскими бомбардировками, что позволяло идеально измерить повреждения, наносимые ядерной бомбой.
Нагасаки в 1945 году располагался в двух долинах, по которым текли две реки. Во время Второй мировой войны город, представлявший собой крупный морской порт, приобрёл особое значение ещё и как промышленный центр, в котором были сосредоточены сталелитейное производство и верфь Мицубиси, торпедное производство Мицубиси-Ураками. В городе изготавливались орудия, корабли и другая боевая техника.