1. В диалоге упаковке на закладке общие отметить галочку "Создать SFX-архив"
2. На закладке "Дополнительно" нажать кнопку "Параметры SFX..."
3. В нижней части открывшегося окна можно указать программы, которые будут выполнены до/после упаковки.
4. Вбиваем туда cmd /c del <имя_удаляемого_файла>
5. Всё.