Наличными и со своего кармана.
одна из твоих многочисленных должностных обязанностей - не допускать краж. А вообще-то тщательно перечитай служебные документы с изложением твоих должностных обязанностей и подписанный тобой контракт. Еслитам ничего такого нет - судись.
Обычная практика всех магазинов самообслуживания, да и вообще всех. У Вас в договоре должен быть пункт о коллективной материальной ответственности. Обычно какой-то % закладывается на недостачу товара. И после учёта, если недостача обнаруживается, часть товара за счёт этого списывается. Остальное платят продавцы, кассиры, администраторы и охранники из своего кармана (или наличкой, или официальными вычетами из зарплат). Почему без учёта Вас "просят" заплатить? Скорее всего администратор или кто там у Вас уже имеет представление о том, сколько и чего пропало, и может знать, что допустимый % недостачи уже перекрыт. А чтобы "не светить" большую недостачу официально, просит заплатить сразу наличными. Потому что, если в магазине регулярно большие недостачи от учёта к учёту, магазин могут проверить уже более серьёзно, вплоть до того полного обновления коллектива сверху донизу. А это никому не понравится, особенно "верхнему" звену. Работа-то на дороге не валяется.
Ничего не плати. Возможно, это афера. Например, начальник что-нибудь вывез из магазина, а потом ещё и с тебя денег требует.