...возможно просто закрыть все папки перед перезагрузкой копмьютера...
...или открытие прописано в автозагрузке...
...удалите из ПУСК-Прогограммы-Автозагрузка...
...могу написать еще ключи реестра, подгружающиеся
...автоматом, но чувствую, что Вам это не надо...