Ну есть же "дежурные" имена Петя, Вася, Маша. Вот и Вовочка в их число, наверно, уже попал. Все зависит от "возраста" этих анекдотов, точнее использования этого имени. Вообще можно много версий придумать.
Не надо ничего придумывать, анекдоты про Вовочку начались с конца 50-х годов, после популярной репризы Мироновой и Менакера "О воспитании". Все остальные версии не катят.